home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00214 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  3.0 KB  |  70 lines
  1. ***********************************************************
  2. * Growth factor and cytokines receptors family signatures *
  3. ***********************************************************
  4.  
  5. A number of receptors for lymphokines, hematopoeitic growth factors and growth
  6. hormone-related molecules  have  been found [1 to 5] to share a common binding
  7. domain. Receptors known to belong to this family are:
  8.  
  9.  - Cytokine  receptor  common  beta  chain.  This chain is common to the IL-3,
  10.    IL-5 and GM-CSF receptors.
  11.  - Cytokine  receptor  common  gamma chain.  This chain is common to the IL-2,
  12.    IL-4, IL-7 and IL-13 receptors.
  13.  
  14.  - Ciliary neurotrophic factor receptor (CNTFR).
  15.  - Erythropoietin receptor (EPOR).
  16.  - Granulocyte colony-stimulating factor receptor (G-CSFR).
  17.  - Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor  receptor alpha chain (GM-
  18.    CSFR).
  19.  - Interleukin-2 receptor beta chain (IL2R-beta).
  20.  - Interleukin-3 receptor alpha chain (IL3R).
  21.  - Interleukin-4 receptor alpha chain (IL4R).
  22.  - Interleukin-5 receptor alpha chain (IL5R).
  23.  - Interleukin-6 receptor (IL6R).
  24.  - Interleukin-7 receptor alpha chain (IL7R).
  25.  - Interleukin-9 receptor (IL9R).
  26.  - Growth hormone receptor (GRHR).
  27.  - Prolactin receptor (PRLR).
  28.  
  29. The conserved  region  constitutes  all  or  part of the extracellular ligand-
  30. binding region and is about 200 amino acid residues long. In the N-terminal of
  31. this domain  there  are   two  pairs of cysteines known, in the growth hormone
  32. receptor, to be involved in disulfide bonds.
  33.  
  34.  +----------------------------------------xxxxxxx---------------------------+
  35.  | C C       C  C  Extracellular          XXXXXXX   Cytoplasmic             |
  36.  +-|-|-------|--|-------------------------xxxxxxx---------------------------+
  37.    | |       |  |                      Transmembrane
  38.    +-+       +--+
  39.  
  40. We have used two patterns  to detect  this  family of receptors. The first one
  41. is derived  from  the  first  N-terminal  disulfide  loop,  the  second  is  a
  42. tryptophan-rich  pattern   located   at   the  C-terminal   extremity  of  the
  43. extracellular region.
  44.  
  45. -Consensus pattern: C-[LVFYR]-x(7,8)-[STIVDN]-C-x-W
  46.                     [The two C's are linked by a disulfide bond]
  47. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  48.  for CNTFR, IL3R-alpha, IL5R-alpha and IL7R-alpha.
  49. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 13.
  50.  
  51. -Consensus pattern: [STGL]-x-W-[SG]-x-W-S
  52. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  53.  for cytokine  receptor  common  gamma  chain,  IL3R-alpha  and growth hormone
  54.  receptors.
  55. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 30.
  56.  
  57. -Last update: June 1994 / Text revised.
  58.  
  59. [ 1] Bazan J.F.
  60.      Biochem. Biophys. Res. Commun. 164:788-795(1989).
  61. [ 2] Bazan J.F.
  62.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87:6934-6938(1990).
  63. [ 3] Cosman D., Lyman S.D., Idzerda R.L., Beckmann M.P., Park L.S.,
  64.      Goodwin R.G., March C.J.
  65.      Trends Biochem. Sci. 15:265-270(1990).
  66. [ 4] d'Andrea A.D., Fasman G.D., Lodish H.F.
  67.      Cell 58:1023-1024(1989).
  68. [ 5] d'Andrea A.D., Fasman G.D., Lodish H.F.
  69.      Curr. Opin. Cell Biol. 2:648-651(1990).
  70.